Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SMC4Q9NTJ3 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SMC4Q9NTJ3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms