Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP54Q70EL1 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms