Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL6A3P12111 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms