Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
HOXD4P09016 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms