Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP3Q9Y3E7 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms