Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms