Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms