Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3Q7Z494 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms