Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CTCFP49711 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CTCFP49711 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CTCFP49711 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CTCFP49711 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CTCFP49711 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CTCFP49711 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CTCFP49711 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms