Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF3Q9UKF6 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms