Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
NPHP3Q7Z494 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
NPHP3Q7Z494 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms