Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG1P18858 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG1P18858 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG1P18858 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG1P18858 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG1P18858 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG1P18858 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG1P18858 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG1P18858 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms