Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms