Protein–RNA interactions for Protein: P02649

APOE, Apolipoprotein E, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOEP02649 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
APOEP02649 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
APOEP02649 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
APOEP02649 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
APOEP02649 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
APOEP02649 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
APOEP02649 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
APOEP02649 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
APOEP02649 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms