Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP3Q9Y6I4 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms