Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LHX3Q9UBR4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LHX3Q9UBR4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms