Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CLN3Q13286 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
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