Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	PRM3	YPL192C	402 nt		2.44	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	ECM25	YJL201W	1800 nt		2.44	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	ALK2	YBL009W	2031 nt		2.44	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	SUL1	YBR294W	2580 nt		2.44	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	GCV2	YMR189W	3105 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	NUP170	YBL079W	4509 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YHR125W	YHR125W	306 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	AIM32	YML050W	936 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YMR194C-A	YMR194C-A	225 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	RPL36A	YMR194W	303 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	RPS7B	YNL096C	573 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	snR54	snR54	86 nt		2.43	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YIL080W	YIL080W	4722 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	TFC3	YAL001C	3483 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	GEA1	YJR031C	4227 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	DAD4	YDR320C-A	219 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YLR269C	YLR269C	351 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	RPS22B	YLR367W	393 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YPR145C-A	YPR145C-A	237 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	HRD3	YLR207W	2502 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	ASG1	YIL130W	2895 nt		2.42	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	SGM1	YJR134C	2124 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	PPN1	YDR452W	2025 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	GPI8	YDR331W	1236 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	TIM8	YJR135W-A	264 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YKL063C	YKL063C	504 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YMR153C-A	YMR153C-A	336 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	IGO1	YNL157W	507 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	COQ10	YOL008W	624 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	UTP22	YGR090W	3714 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	UTP14	YML093W	2700 nt		2.41	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	SSN2	YDR443C	4263 nt		2.4	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	BAS1	YKR099W	2436 nt		2.4	□□□□□ -2.02
SHP1	P34223	YLR101C	YLR101C	396 nt		2.4	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SIP18	YMR175W	240 nt		2.4	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YBR197C	YBR197C	654 nt		2.4	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YJR140W-A	YJR140W-A	150 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	VPH2	YKL119C	648 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RNP1	YLL046C	750 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YOL134C	YOL134C	390 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YOR105W	YOR105W	327 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YOR248W	YOR248W	303 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	ACM1	YPL267W	630 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	ATP15	YPL271W	189 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YBR012W-A	YBR012W-A	1323 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YOR142W-A	YOR142W-A	1323 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YPR158W-A	YPR158W-A	1323 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SVL3	YPL032C	2478 nt		2.39	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	BRO1	YPL084W	2535 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SDC25	YLL016W	3147 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RNH70	YGR276C	1662 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YDR114C	YDR114C	303 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	HUR1	YGL168W	333 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RPC10	YHR143W-A	213 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	NBL1	YHR199C-A	222 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YKL111C	YKL111C	336 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	TEN1	YLR010C	483 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YLR406C-A	YLR406C-A	150 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	TIF11	YMR260C	462 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	CMC2	YBL059C-A	330 nt		2.38	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	ISW1	YBR245C	3390 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	HMRA1	YCR097W	381 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YER006C-A	YER006C-A	318 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	AGA2	YGL032C	264 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RAM2	YKL019W	951 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RPS1A	YLR441C	768 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YLR458W	YLR458W	381 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	FYV12	YOR183W	390 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	MSS18	YPR134W	807 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SLM6	YBR266C	453 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	MGR1	YCL044C	1254 nt		2.37	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YPK1	YKL126W	2043 nt		2.36	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RPL40A	YIL148W	387 nt		2.36	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YLR154W-F	YLR154W-F	141 nt		2.36	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YOL159C-A	YOL159C-A	273 nt		2.36	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SWR1	YDR334W	4545 nt		2.36	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SIR3	YLR442C	2937 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	RGA2	YDR379W	3030 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YEF3	YLR249W	3135 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	ATP6	Q0085	780 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YER079C-A	YER079C-A	339 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YJL202C	YJL202C	348 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	SEN15	YMR059W	387 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YPR089W	YPR089W	2667 nt		2.35	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	PRP6	YBR055C	2700 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YDR194W-A	YDR194W-A	153 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YER188C-A	YER188C-A	300 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	tT(UGU)Q1	tT(UGU)Q1	76 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YAL059C-A	YAL059C-A	423 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	IRC19	YLL033W	693 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	MRPL33	YMR286W	261 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	CRS5	YOR031W	210 nt		2.34	□□□□□ -2.03
SHP1	P34223	YBL005W-B	YBL005W-B	5268 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	NUP82	YJL061W	2142 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	VPS13	YLL040C	9435 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	YJL181W	YJL181W	1836 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	YDL068W	YDL068W	330 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	YER135C	YER135C	393 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	NCE101	YJL205C	162 nt		2.33	□□□□□ -2.04
SHP1	P34223	PEX17	YNL214W	600 nt		2.33	□□□□□ -2.04

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