Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
HOXC9P31274 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HOXC9P31274 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms