Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CPSF3Q9UKF6 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms