Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
ZNF541Q9H0D2 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
ZNF541Q9H0D2 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms