Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms