Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USF3Q68DE3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms