Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP4Q13107 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP4Q13107 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP4Q13107 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP4Q13107 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP4Q13107 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
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