Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BRCA1P38398 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.8 ms