Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL3A1P02461 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL3A1P02461 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms