Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NUP88Q99567 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms