Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC140Q96MF4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms