Protein–RNA interactions for Protein: Q15393

SF3B3, Splicing factor 3B subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,217 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B3Q15393 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SF3B3Q15393 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SF3B3Q15393 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms