Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP4Q13107 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
USP4Q13107 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP4Q13107 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP4Q13107 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP4Q13107 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
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