Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
COL4A3Q01955 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms