Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA4Q00056 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms