Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CUX1P39880 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CUX1P39880 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CUX1P39880 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CUX1P39880 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CUX1P39880 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CUX1P39880 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC34.76■■■■□ 3.16
CUX1P39880 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CUX1P39880 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC34.76■■■■□ 3.16
CUX1P39880 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CUX1P39880 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CUX1P39880 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.76■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC34.76■■■■□ 3.15
CUX1P39880 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC34.76■■■■□ 3.15
CUX1P39880 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC34.75■■■■□ 3.15
CUX1P39880 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CUX1P39880 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CUX1P39880 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CUX1P39880 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CUX1P39880 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CUX1P39880 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
CUX1P39880 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CUX1P39880 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
CUX1P39880 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC34.7■■■■□ 3.14
CUX1P39880 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.3 ms