Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCIF1Q9H4Z3 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms