Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP28Q96RU2 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms