Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
TCOF1Q13428 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC31.2■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
TCOF1Q13428 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
TCOF1Q13428 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
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