Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIG3P49916 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIG3P49916 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIG3P49916 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIG3P49916 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIG3P49916 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIG3P49916 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIG3P49916 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
LIG3P49916 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIG3P49916 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIG3P49916 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIG3P49916 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIG3P49916 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms