Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	KTI11	YBL071W-A	249 nt		2.71	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YNL179C	YNL179C	438 nt		2.71	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YCK2	YNL154C	1641 nt		2.71	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	CDC55	YGL190C	1581 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	AHC2	YCR082W	387 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YDR199W	YDR199W	366 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YGR045C	YGR045C	363 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RPF1	YHR088W	888 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	DFG10	YIL049W	762 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	MRP49	YKL167C	414 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	VPS51	YKR020W	495 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	SSF1	YHR066W	1362 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	ECM29	YHL030W	5607 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	ESL1	YIL151C	3357 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	STE11	YLR362W	2154 nt		2.7	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	BFR1	YOR198C	1413 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	TRZ1	YKR079C	2517 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YGL015C	YGL015C	393 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	VAR1	Q0140	1197 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	TIM10	YHR005C-A	282 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YHR086W-A	YHR086W-A	162 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	FYV7	YLR068W	456 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RIO2	YNL207W	1278 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	OST2	YOR103C	393 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	TOA1	YOR194C	861 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YPR203W	YPR203W	309 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	GDI1	YER136W	1356 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YLR001C	YLR001C	2589 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	FRE2	YKL220C	2136 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RPO41	YFL036W	4056 nt		2.69	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	MES1	YGR264C	2256 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RGL1	YPL066W	1440 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	PDC2	YDR081C	2778 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	APL5	YPL195W	2799 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	TMN3	YER113C	2121 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YEL030C-A	YEL030C-A	315 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	MXR1	YER042W	555 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	VTC1	YER072W	390 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	PNC1	YGL037C	651 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	TCD1	YHR003C	1290 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	SPO13	YHR014W	876 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	HRI1	YLR301W	735 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YOR055W	YOR055W	435 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YCL023C	YCL023C	348 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	BI4	Q0120	1917 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	SEN54	YPL083C	1404 nt		2.68	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	GIN4	YDR507C	3429 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	NET1	YJL076W	3570 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	SLH1	YGR271W	5904 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YCR001W	YCR001W	315 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	HNT1	YDL125C	477 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	OTU2	YHL013C	924 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YKL044W	YKL044W	321 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YLR222C-A	YLR222C-A	231 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YOL150C	YOL150C	312 nt		2.67	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	MSB1	YOR188W	3414 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YAT2	YER024W	2772 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RVS161	YCR009C	798 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RPL9A	YGL147C	576 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YLR302C	YLR302C	363 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YNR021W	YNR021W	1215 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YPL034W	YPL034W	498 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	YOL057W	YOL057W	2136 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	RSN1	YMR266W	2862 nt		2.66	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	PHO91	YNR013C	2685 nt		2.65	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	CDC20	YGL116W	1833 nt		2.65	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	MOT1	YPL082C	5604 nt		2.65	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	SSF2	YDR312W	1362 nt		2.65	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	DSE4	YNR067C	3354 nt		2.65	□□□□□ -1.98
SHP1	P34223	CAJ1	YER048C	1176 nt		2.65	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YLR379W	YLR379W	375 nt		2.65	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	HHT2	YNL031C	411 nt		2.65	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	SVS1	YPL163C	783 nt		2.65	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	KIN82	YCR091W	2163 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	TIM11	YDR322C-A	291 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	RPL16A	YIL133C	600 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	RUF22	RUF22	515 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	SPC29	YPL124W	762 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	GCD10	YNL062C	1437 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	SNF12	YNR023W	1701 nt		2.64	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YER107W-A	YER107W-A	321 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YMR31	YFR049W	372 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YHC1	YLR298C	696 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	ATX2	YOR079C	942 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	RRG8	YPR116W	834 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YBR085C-A	YBR085C-A	258 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	AI2	Q0055	2565 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	SSQ1	YLR369W	1974 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	UBP16	YPL072W	1500 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	RGR1	YLR071C	3249 nt		2.63	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	RIF1	YBR275C	5751 nt		2.62	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YJR157W	YJR157W	363 nt		2.62	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	GPI15	YNL038W	690 nt		2.62	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YNL146C-A	YNL146C-A	195 nt		2.62	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	PDR11	YIL013C	4236 nt		2.62	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	PUF6	YDR496C	1971 nt		2.61	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	SIP3	YNL257C	3690 nt		2.61	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	MMS1	YPR164W	4224 nt		2.61	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YDR209C	YDR209C	414 nt		2.61	□□□□□ -1.99
SHP1	P34223	YER038W-A	YER038W-A	381 nt		2.61	□□□□□ -1.99

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 21.2 ms