Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
COL9A1P20849 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL9A1P20849 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL9A1P20849 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL9A1P20849 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL9A1P20849 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL9A1P20849 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
COL9A1P20849 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms