Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
LIMD1Q9UGP4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMD1Q9UGP4 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms