Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms