Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC3Q9BQI4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms