Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRERF1Q96PN7 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms