Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A3Q14050 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL9A3Q14050 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms