Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
HOXD3P31249 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms