Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LIMCH1Q9UPQ0 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms