Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS28Q9UK41 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms