Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
PCIF1Q9H4Z3 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms