Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
UPF3AQ9H1J1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
UPF3AQ9H1J1 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms