Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS53Q5VIR6 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS53Q5VIR6 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms